层流手术室净化工程竣工后，建设单位应组织医疗部门、使用洁净室的相应科室、设计和施工单位依照工程设计文件和《医院洁净手术部建筑技术规范》(GB50233-2002)、《通风与空调工程施工验收规范》(GB50243-2002)和《洁净室施工及验收规范》(JGJ71-90)等有关施工质量验收规范对洁净室进行严格的质量验收，并应委托有资质的第三方检测单位对层流手术室内洁净度对照设计文件和有关标准规范进行检测。

首先，层流手术室净化工程的验收过程中应该对手术室内以及走廊等区域进行气压监测，因为维持手术室的标准气压是保证层流手术室的正常通风量，以及空气净化效果的前提与保证。

其次，要确保层流手术室内的空气都经过过滤、再循环和保鲜处理，这就牵涉到层流手术室净化空调系统的设计与安装的工程质量考核，进行这一环节的验收需要具备专业的空调系统设计与安装专业经验。

再次，对层流手术室净化工程的天棚、地板以及门窗等建筑标准进行验收，层流手术室有别于普通的建筑工程，对天棚、地板、门窗以及墙壁涂料都有着严格的规范化要求;同时对净化手术室内的设施进行运行监测，如常用的：风淋室、层流罩、无影灯等设施。

最后，对层流手术室的湿度以及温度的控制性能是否完善进行验收，净化手术室的湿度以及温度对净化手术室的无菌化、无尘化要求有着间接的作用，对这两项性能的控制必须符合净化层流手术室相关标准的要求。